證據保全，對於智慧財產權人提起侵權訴訟往往相當重要，尤其是市面上不易購買到侵權產品或設備時，如果無法事先進行證據保全，由法院在訴訟前就先進行鑑定、勘驗或保全書證，一旦侵權人得知即將被告侵權，勢必立即變更侵權產品或設備之設計，甚或銷燬相關證物，如此一來，在民事訴訟以舉證責任決定勝敗的程序之下，智慧財產權人將難以證明侵權人之侵權事實，進而導致敗訴結果。
為此，智慧財產案件審理法第18條立法理由明確指出：「按智慧財產權之民事訴訟，關於侵害事實及損害範圍之證據，極易滅失或隱匿，常造成權利人於訴訟上無法舉證，而不能獲得有效之救濟，因此，智慧財產權之民事事件，其起訴前證據之保全，較之其他訴訟，更有必要。而民事訴訟法第三百六十八條第一項亦已修正增列就確定事、物之現狀有法律上利益並有必要時，得聲請為鑑定、勘驗或保全書證，於智慧財產訴訟，尤應積極運用。」
據上可知，由於智慧財產權屬無體財產權，所以智慧財產案件性質上較一般民事事件更加具有證據保全的必要，智財法院的審查標準照理說也應較一般民事事件更為寬鬆，方可達到保障智慧財產權之目的，也才能促進產業正常發展。然而，現行實務運作上，依智慧財產學界知名學者劉孔中、馮震宇、謝銘洋等教授作成之研究顯示：智慧財產法院證據保全裁定駁回占87%，准許占8%，部分駁回部分准許占5%。智慧財產法院駁回比率近9成，核准率甚至低於臺北及新北地院。此外，該研究中針對實務界律師進行了訪談，受訪律師也普遍認為智慧財產案件證據保全聲請之核准率偏低，可見得智慧財產法院證據保全聲請案核准率，確實未能達到立法者希望的水平註1。
或許智慧財產法院之所以嚴格審查證據保全聲請，是為了避免聲請人利用證據保全程序窺探他人的營業秘密，或是考量若相對人是上市櫃的大公司，一經證據保全，就必須發布重大訊息，對於公司商譽及股價可能有不當影響。然而，智慧財產案件審理法立法時，第18條第5項的秘密保持命令，就已經預先考慮過如何保障相對人權益的問題。因此，本文認為，智慧財產法院應依聲請或依職權善用秘密保持命令，以保障受證據保全的相對人，而非一味否准證據保全之聲請。其次，本文也認為保全必要性的考量，應優先於侵權人商譽及股價。亦即應該考量智慧財產權人是否還有其他方式可以預先保全證據，不能僅憑侵權人是大公司，為避免對其造成影響就駁回證據保全聲請。再者，鑑定、勘驗本來就是訴訟中通常會進行之程序，證據保全只是將其提前至訴訟前進行，與一般假扣押、假處分或定暫時狀態假處分會導致相對人財產暫時凍結或產品禁售之情形不同。因此，智慧財產法院似應再放寬證據保全的聲請，才能有效活化臺灣的智慧財產權訴訟制度。
另一方面，本文也建議智慧財產權人於聲請證據保全時。應注意下列事項：
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應委任具有智慧財產權案件專業的律師，針對法律要件有技巧地提出說明及檢附相關事證。
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雖然起訴前、起訴後都可以聲請證據保全，且起訴後的證據保全核准率較高，但起訴後被告就會知道自己遭控訴侵權，很可能會提早因應。
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預先準備侵權鑑定報告，此雖非法定要件，但可以增強法院認定侵權行為存在的心證，進而提高准許的機率。
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聲請時附帶說明保障相對人營業秘密的具體措施，以降低法院疑慮。
註1：詳《專利證據保全及智慧財產權人相關資訊實體請求權之研究》，月旦法學雜誌，第226期，103年3月
