案例事實：
甲公司於民國101年7月間日註冊取得A商標，指定使用於「放射療法時保護直腸之凝膠」商品，後乙公司於105 年9 間向智慧局申請廢止A商標，理由為甲公司三年未為使用A商標，甲公司提出答辯，聲稱擬使用該商標之商品，因在國外涉有專利爭訟而無法使用，有未使用商標之「正當事由」，不應廢止其註冊。
 
解析：
商標廢止是對於合法註冊取得之商標權，因嗣後的因素而使其往後失其效力的行政處分。依據商標法第63條第1項第2款規定，無正當事由迄未使用或繼續停止使用已滿三年者，商標專責機關應依職權或據申請廢止其註冊。本案例之爭點在於，甲公司主張之A商標指定使用商品於國外涉有專利爭訟一事，是否構成未使用商標的「正當事由」。對此，智慧財產法院曾在判決中認為：

1. 商標法63條第1項第2款規定所稱「正當事由」，是指商標權人由於事實上的障礙或其他不可歸責於己的事由，以致無法使用註冊商標而言。其情形如下：⑴藥品上市之前必須向藥政主管機關申請審查通過才可以上市，在審查通過前，可認為是不能使用的正當事由。⑵我國尚未開放大陸地區產製之酒類商品進口來台銷售，可認為是不能使用的正當事由。⑶海運斷絕，原料缺乏或天災地變，以致廠房機器有重大損害，一時不能開工生產或銷售等情形，均屬不能使用的正當事由」（註冊商標使用之注意事項3.3 參照）。
2. 『正當事由』，係指商標權人由於事實上之障礙或其他不可歸責於己之事由，以致無法使用註冊商標以生產製造、加工、揀選、批售或經紀其指定之商品而言，例如海運斷絕，原料缺乏或天災地變，以致廠房機器有重大損害，一時不能開工生產或銷售等」（行政法院55年判字第301 號、56年判字第71號判決參照）。又所謂不應歸責於己之事由，係指依客觀之標準，以通常人之注意，而不能預見或不可避免之事由；若僅主觀上有所謂不應歸責於己之事由者，即非屬之（最高行政法院97年度裁字第2499號行政裁定、100 年度判字第996 號行政判決意旨參照）。
3. 在歐盟涉有專利爭訟一事，與海運斷絕等天災地變等事實上之障礙，並不相當。又歐盟及我國專利權之取得及保護係採屬地主義，在他國家地區涉有侵害專利權案件，不必然在我國亦有相同情事，再者，由商標權人所述其相關商品皆為國外製造後進口至臺灣銷售，難於臺灣另覓未曾合作廠商代為製造等語，亦可觀出其未能在我國產製藥品及使用商標，係因企業基於自身商業政策之決定，屬其自發性之策略訂定，即其未於我國將系爭商標使用於所指定之商品，非屬依客觀標準不能預見或不可避免之事由。
4. 若僅主觀上有所謂不可歸責於己之事由者，即非屬「正當事由」。因此，該等「正當事由」並不包括商標權人基於自身因素考量，自行不使用之情形。況查：⑴商標權人所稱於歐盟所涉專利爭訟係商標權人主觀上自己認為恐有侵權之虞，並不必然表示於我國亦構成侵權而無法使用系爭商標，況於我國，藥品必須向藥政主管機關申請審查通過才可以上市，然系爭商標於獲准註冊至今，商標權人均未提出其有向我國藥政主管機關申請審查之事證，自難認未使用系爭商標有何正當事由。
5. 縱原先欲產製之商品有侵權疑慮，亦可以取得授權、協商，或迴避設計、變更設計等方式產製不侵權之商品，並將其商標使用於相關商業文書或廣告，即足當之。然基於自身主觀上之預慮及商業考量，自行決定不使用系爭商標，顯非任何客觀上致其無法使用之障礙事由。
6. 商標商品之技術是否取得專利，應屬相關技術能否受到專利權保障之問題，本與系爭商標之使用與否無涉。
7. 智慧財產法院108年度行商訴字第126號行政判決)

 
綜上，依智慧財產法院之判決理由來看，商品涉有專利爭議與是否能使用商標並無直接關聯，不能作為未使用商標的「正當事由」，本案例中甲公司的答辯並無理由。
 
另外，附帶一提者為，關於智慧財產法院於判決中所提藥品上市之前必須向藥政主管機關申請審查通過才可以上市，在審查通過前，可認為是不能使用的正當事由一節，在個案中，可能會涉及向藥政主管機關申請審查的時點，據筆者所知，在歐盟曾有判決認為商標權人申請商標的時點與向藥政機關申請臨床試驗時點，涉及自發性之策略訂定，於個案中未採商標權人主張。因此，仍建議醫藥公司應注意申請商標與申請藥品審查的時程配合，採取較為彈性妥適的商標申請策略，以避免商標因三年未使用而遭廢止。